Par

KUMAKAMBA Charles

Docteur en Médecine Chirurgie et Accouchement

Mémoire présenté en vue de l’obtention du grade de Médecin spécialiste en Biologie Médicale

Option: Microbiologie

==============

RésuméSummary
La République Démocratique du Congo (RDC) est l’un des pays africains ayant une histoire très riche en termes d’épidémies à maladies émergentes d’origine zoonotique, notamment celles causées par des virus.
Cependant, aucune surveillance systématique de ces virus zoonotiques chez les animaux vivant potentiellement en contact avec l’homme n’est réalisée.
Cette étude avait pour objectif de caractériser les virus potentiellement zoonotiques circulant à l’interface homme-animal en RDC.
De 2010 à 2019, nous avons analysé des échantillons de sang, des tissus, des écouvillons oraux et rectaux de 3122 animaux (chauves-souris, rongeurs et primates non humains) vivant à l’interface homme – animaux sauvages en RDC à la recherche des familles virales par PCR conventionnelle. Les produits de PCR ont été ensuite séquencés par la méthode de Sanger afin de caractériser les virus.
Au regard des interactions qui existent entre homme et faune sauvage, ces résultats suggèrent que le risque de transmission de ces virus à l’homme et le risque de l’éclosion d’une épidémie due aux virus connus ou aux nouveaux variants demeurent permanents.
Nous avons trouvé des virus appartenant à neuf familles virales suivantes: Herpesviridae, Coronaviridae, Picornaviridae, Retroviridae, Parvoviridae, Polyomaviridae, Adenoviridae,
Paramyxoviridae, et Orthopoxviridae.
Le taux d’infection le plus élevé était observé dans le groupe des primates non-humains où 26% de ces animaux ont été testés positifs pour un virus.
Les chauves-souris étaient presque exclusivement infectées par les virus de la famille des Coronaviridae.
Nous avons identifié 24 nouveaux variants appartenant à cinq familles virales et dont la pathogénicité chez l’homme reste à déterminer.

The Democratie Republic of Congo (DRC) is one of the African countries with a very rich history in terms of epidemies with emerging diseases of zoonotic origin, especially those caused by viruses. However, no systematic monitoring of these zoonotic viruses in animais living potentially in contact with humans has been carried out. The objective of this study was to characterize the potentially zoonotic viruses circulating at the human-animal interface in the DRC.

From 2010 to 2019, we analyzed blood samples, tissues, oral and rectal swabs from 3,122 animais (bats, rodents, and non-human primates) living at the human- wild animal interface in the DRC for viral families by conventional PCR.

The PCR products were then sequenced by the Sanger method to characterize the viruses.

We found viruses belonging to the following nine viral families: Herpesviridae, Coronaviridae, Picornaviridae, Retroviridae, Parvoviridae, Polyomaviridae, Adenoviridae, Paramyxoviridae, and Orthopoxviridae.

The highest infection rate was observed in the group of non-human primates where 26% of these animais tested positive for a virus. Bats were almost exclusively infected with viruses of the Coronaviridae family.

We have identified 24 new variants belonging to five different viral families whose pathogenicity in humans remains to be determined.

In view ofthe interactions that exist between humans and wildlife, these results suggest that the risk of transmission ofthese viruses to humans and the risk of an outbreak of an epidemie due to known viruses or to new variants remain permanent.