Par
NKUBA NDAYE Antoine
Docteur en Médecine
Mémoire présenté et défendu en vue de l’obtention du titre de spécialiste en Biologie Médicale.
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Contexte
‘Chikungunya’ est une zoonose virale transmise par le moustique. En République Démocratique du Congo bien que quatre épidémies de Chikungunya ont été rapportées, il n’existe pas de description clinique, biologique et moléculaire publiées rendant ainsi difficile l’organisation de la surveillance à l’échelle nationale.
Cette étude se propose de décrire les caractéristiques cliniques, biologiques et moléculaires de Chikungunya et d’évaluer la définition de cas utilisée lors des flambées épidémiques.
Méthodologie
Il s’agit d’une étude transversale multicentrique réalisée chez des patients suspects Chikungunya au Kongo Central dans le cadre d’une enquête épidémiologique conduite du 19 au 23 Mars 2019.
Les patients suspects avec fièvre et/ou arthralgie d’apparition récente ont été inclus dans l’étude.
Le statut sérologique a été déterminé par la technique d’ELISA et la RT -PCR a été utilisée pour la détection de l’ ARN viral.
Le séquençage à haut débit utilisant la plateforme MinION a permis de déterminer les caractéristiques moléculaires du virus alors que le test de Kappa a été développé pour évaluer la concordance des définitions de cas en fonction des symptômes et de la positivité.
Résultats
La fréquence des suspects positifs Chikungunya était de 80,4% avec 49,8% de RT -PCR positif et 47,9% de IgM positf.
L’âge médian était de 21 ans avec des extrêmes de 1 et 67 ans et le sexe féminin était majoritaire avec 59,5% avec un ratio F/H de 1.5.
L’arthralgie (93,1%) et la fièvre (87,0%) étaient les signes les plus retrouvés avec une différence statistiquement significative (p<0,05) pour l’arthralgie.
Toutes les séquences du génome viral formaient un groupe monophylétique dans la lignée EstiCentre/Sud-Africain.
Enfin, la concordance entre les résultats de laboratoire et les définitions de cas est de 0,1089 pour la définition de l’OMS et de 0,185 pour celle de cette étude.
Conclusion
Cette étude montre que l’épidémie de Chikungunya au Kongo Central qui est causée par la lignée Est/Centre/Sud-Africain atteint presque tous les âges avec une prédominance féminine.
La fièvre et/ou l’arthralgie constituent les principaux symptômes.
Elle documente par ailleurs une faible performance de la définition de cas de l’OMS.
Ces résultats soulignent l’importance de l’adaptation de la définition de cas en période d’épidémie.
Mots clés : Chikungunya, Kongo Central, définition de cas, caractéristiques.
Context
« Chikungunya » is a viral zoonosis transmitted by mosquitoes. In the Democratie Republic of Congo, four epidemies of Chikungunya have- been reported.
However, there is no well documented and published clinical, biological and molecular description, making it difficult to organize surveillance at the national level.
This study aims to describe the cIinical, biological and molecular characteristics of Chikungunya and to evaluate the case definition used during the outbreaks.
Methods
This is a multicentre cross-sectional study carried out in suspected Chikungunya patients in KongoCentral as part of an epidemiological investigation conducted from March 19 to 23, 2019.
Suspected patients with recent onset fever and/or arthralgia were included in the study.
Serological ~tatus was determined by ELISA technique and RI -PCR was performed for detection of viral RNA. High throughput sequencing using the MinION platform allowed the molecular characteristics of the virus to be determined while the Kappa test was developed to assess the concordance of case definitions based on symptoms and positivity.
ResuIts
Thefrequency ofChikungunya positive was 80.4% with 49.8% positive for RT-PCR and 47.9% positive for IgM.
The median age was 21 years with extremes of 1 and 67 and the female sex was in the majority at 59.5% with a female to male ratio of 1.5.
Arthralgia (93.1%) and fever (87.0%) were the most common symptoms with a statistically significant difference (p<0.05) for arthralgia.. Ali sequences of the viral genome formed a monophyletic group in the East/Central/South African lineage. Finally, the agreement between laboratory results and case definitions is 0.1089 for the WHO definition and 0.185 for that ofthis study.
Conclusion
This study shows that Chikungunya outbreak in Kongo Central which is caused by the East/Central/South African lineage reaches almost al! ages with a female predominance.
The main symptoms are fever and/or arthralgia. It also documents poor performance of the WHO casedefinition.
These results emphasize the importance of adapting the case definition during an outbreak.
Keywords: Chikungunya, Kongo Central, case definition, characteristics.
